ChemBio3D Ultra与ChemDraw Pro功能部分重叠但各有侧重，本文将从实际应用角度出发，对比分析两者在化学绘图与分子建模方面的优劣差异。
1、 ChemDraw Pro工具功能全面，支持化学结构绘制与分析。
2、 ChemDraw Pro 提供多种基础化学结构绘制功能，涵盖箭头、选择工具、各类化学键等绘图选项，内置常用结构图形模板。同时支持结构优化、化学警示提示、自定义模板及俗名管理。其中，Acylic Chain 工具可用于快速构建无环碳链结构，操作简便，适用于复杂分子的初步搭建，是化学绘图中常用的实用功能之一。
3、 ChemProp功能，用于化学性质预测。
4、 具备TLC及凝胶电泳分析功能，可用于物质分离与检测。
5、 ChemBio3D Ultra 功能全面，支持分子建模与化学数据分析。
6、 ChemDraw Pro功能与其基础版本的核心功能保持一致，具备相同的化学结构绘制与编辑能力。
7、 ChemBio3D Ultra具备多种功能，包括3D眼镜显示、ChemDraw实时联动、CLogP计算、形式电荷分析、氢键识别以及MM2力场优化等，支持三维化学结构的可视化与分子性质模拟，适用于药物设计与化学研究领域。
8、 ChemBioFinder Std包含多个子功能，涵盖各类实用工具与操作选项。
9、 ChemDraw/Excel功能包含两个子项目，分别为ChemDraw/Excel与ChemDraw/Excel，共同构成该功能模块的完整内容。
10、 ChemBioFinder/Office提供多种细化功能，包括化学结构搜索、列表合并、多数据视图展示、脚本编写、隐氢原子标准化处理以及自定义标签样式等，满足用户在化学与生物信息管理中的多样化需求。
11、 可计算化合物的pKa、LogD及LogS值，同时支持分子量分析，适用于结构、原子或反应式的相关参数计算。
12、 Dropbox云端功能可安全存储化学数据，保障信息可靠。
13、 ChemScript功能在化学类出版物制作中具有不可或缺的重要作用。
14、 支持MOPAC与Gaussian软件的数据交互功能。
15、 Autodock与Conflex软件的连接接口。
16、 GAMESS功能可拓展至多种软件进行数据交互。
17、 ChemBio3D Ultra具备ChemDraw Pro的全部功能，仅缺少TLC/Gel绘图模块，同时还额外集成了其他功能组件。然而，该软件暂未推出适用于Mac系统的版本，而ChemDraw Pro则支持Mac平台，用户可根据操作系统需求选择合适的产品进行化学结构绘制与分析。
