菌群移植主要有两种方式：一是通过内镜、鼻肠管、造瘘口或灌肠注入菌液，二是口服菌群胶囊。不同方法各有优劣，医生会根据患者具体情况、医院技术条件及操作可行性，综合评估后选择最适合的移植方案。
1、 鼻肠管植入术
2、 适用病症
3、 适用于患有难辨梭状芽孢杆菌感染、炎症性肠病、便秘、糖尿病、肝性脑病、脂肪肝、慢性乙肝、肠易激综合征及抗生素相关性腹泻，且可耐受鼻肠管的患者。
4、 肠道菌群失衡引发的各类相关疾病。
5、 自愿申请人员
6、 操作方法：
7、 患者置管前需禁食6小时，操作时指导其配合吞咽，严禁强行插入。
8、 移植前患者取半卧位，将提纯菌液注入管腔，全程监测反应，最后用10ml生理盐水冲洗管道。
9、 移植后患者应保持半卧位或适当走动，避免油腻辛辣食物，一周内禁止使用抗生素。
10、 内镜下移植技术
11、 适用病症：
12、 适用于可耐受鼻肠管的艰难梭菌感染、炎症性肠病、肠易激综合征、慢性便秘、腹泻及肝病、自闭症等患者。
13、 无法耐受鼻肠管或要求通过胃镜进行菌群移植的患者。
14、 患者主动请求接受治疗者。
15、 操作方法：
16、 患者置管前需禁食6小时，操作时指导其配合吞咽，严禁强行插入。
17、 移植前让患者取半卧位，将提纯菌液缓慢注入管腔，密切观察其反应，最后用10毫升生理盐水冲洗导管。
18、 移植后患者应保持半卧或适当活动，避免油腻辛辣食物，一周内不得使用抗生素。
19、 口服菌群胶囊进行肠道移植
20、 适用病症：
21、 多种疾病如艰难梭菌感染、炎症性肠病、肠易激综合征、便秘腹泻及肝病、自闭症等均与肠道健康密切相关。
22、 对鼻肠管或胃镜移植不耐受且要求口服定制菌群的患者。
23、 患者主动申请接受治疗者。
24、 操作方法：
25、 服用前四小时禁食，用温盐水送服菌群，每三至五分钟吞服二到三粒，分次服完三十粒。根据病情及严重程度可调整用量，具体遵医嘱。服后一小时内禁止进食，确保疗效稳定发挥。
26、 可能出现打嗝、腹部胀痛、腹痛或轻度腹泻及低热，多数症状在移植后12至24小时内自行缓解。若出现其他不适，请及时告知医生。
