依据KEGG数据库中信号通路的上下游关联，构建各通路间的相互作用网络图，直观呈现通路之间的调控关系与连接模式。
1、 图中每个圆点对应一个通路的名称。
2、 颜色表示不同分组中差异基因所参与的显著性信号通路。在两分组（如实验组与对照组）分析中，红色代表上调差异基因富集的通路，蓝色代表下调差异基因富集的通路，黄色表示上调和下调基因均参与的通路。而在多分组（如组1、组2、组3）比较中，因不区分基因表达变化方向，故采用紫色点表示由差异基因显著富集的信号通路。
3、 连线采用带箭头的实线，表示信号通路间的上下游关系，箭头起点为上游通路，终点为下游通路。通过该图可清晰识别出位于最上游的起始信号通路以及最终作用的下游效应通路。
4、 建议显著性信号通路数量控制在20至100个之间，过少则因上下游关联不足难以形成网络图，过多则导致图谱过于庞大，不利于后续筛选与分析。
5、 根据图中节点的大小选择信号通路，节点越大，表示其与其他通路之间的上下游相互作用越多，在网络中的地位越关键。此外，也可结合研究关注的重点通路或特定基因所参与的通路进行筛选，以锁定更具生物学意义的目标。
