兽用B超机探头是其关键组成部分，有电子探头和机械探头两种类型。
1、 电子探头通过多个阵元晶体接收超声信号，不同厂家的阵元数量有所差异。机械探头则无阵元晶体，依靠电机驱动一个或几个压电晶片摆动，发出扇形超声波束。
2、 兽用B超机采用电子探头的多为中高端产品，成像效果优于使用机械探头的设备，低端B超则相反。
3、 电子探头比机械探头贵不少，机械探头通常一千多，电子探头因阵元晶体数量不同，价格从三千到上万不等。
4、 电子探头通常无需特别维护。机械探头内含专用油，长时间使用后油会挥发减少，导致探头内产生气泡，影响检测效果，因此需定期补充油量。此外，冬季低温时，机械探头中的油可能凝固，需开机预热一段时间，待油融化后方可正常工作。
5、 电子探头比机械探头寿命长，因机械探头靠电机震动产生超声波，易损耗。
6、 高端电子探头频率可自动调节，探测深度达30毫米；机械探头频率通常固定，常见为3.5兆赫。
7、 电子探头种类多样，依据动物体型与检测需求而定，包括背膘眼肌、活体采卵（OPU）专用、凸阵直肠、大凸、高频线阵、高频微凸及多频探头等；机械探头则仅有单一选择。
