会计档案整理需先制定管理规则，再进行科学分类与统一编号，同时结合单位规模和档案数量等实际情况，合理确定整理方案。
1、 会计档案通常分为四类：凭证、账簿、财务报告及其他。编码示例如下：凭证以J1开头，账簿为J2，报告为J3，其他资料为J4，统一规范便于管理与查阅。
2、 会计账簿J2，财务报告J3，其他资料J4。
3、 按年度对会计档案进行分类归档。
4、 依据会计档案管理规范，明确各类档案的保存年限。包括：会计凭证（J1）、会计账簿（J2）、财务报告（J3）及其他资料（J4），具体期限参照相关规定执行。
5、 按年度和保管期限对同一类别会计档案进行有序排列。
6、 填写会计档案信息时，全宗号为档案馆为归档单位分配的编号，视单位情况可不填；目录号指对应目录的编号；案卷号为案卷的顺序编号，需保证在案卷内唯一且不重复。
7、 编制会计档案清单
8、 目录需列明序号、类别、档案名称、时间范围、保存年限、页数及备注信息。
9、 打印会计档案清单。
10、 打印目录，共三份。
11、 会计资料归档整理
12、 档案整理后装入盒中，填写盒面及背脊信息，并完成会计档案移交清册，随后移交至单位档案管理部门统一管理。
