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    NCBI查找基因及启动子序列

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    研究某个基因常需其序列和启动子信息。目前多数已测序物种的数据易于获取。以拟南芥为例,可通过NCBI数据库便捷地检索目标基因的完整序列及相关调控区域。

    1、 访问NCBI官方网站

    2、 在搜索框中输入gene,接着填入目标基因编号,例如at1g11110,点击search即可开始查询。

    3、 在搜索结果中定位MapViewer,可查看基因在染色体上的具体位置。

    4、 接下来可查看该基因的具体位置及相关信息,无需关注其他内容,直接点击右上角的Download/View Sequence/Evidence,进入后即可下载所需序列。

    5、 可查看FASTA和GenBank两种格式的序列,建议优先选择GenBank格式,因其包含详细的注释信息,能清晰分辨基因、启动子、CDS等结构。FASTA格式仅显示原始序列,缺乏标注。点击display即可查看相应内容。

    6、 从图中可以看出,该基因的序列区间为288至2583,其mRNA对应的区域包括多个片段:288到355、444到467、653到935、1032到1135、1253到1375、1641到1803以及2052到2583。而编码序列(CDS)则分布在444到467、653到935、1032到1135、1253到1375、1641到1803以及2052到2188这几个区段内。由于基因结构中外显子并非连续排列,中间被多个内含子隔开,导致其转录后的mRNA需要经过剪接处理,最终形成的成熟mRNA中仅保留外显子部分。因此,编码蛋白质的CDS也呈现出不连续的特点,分散在不同的外显子区域内,反映了真核生物基因典型的断裂结构特征。

    7、 基因上游序列即为其启动子区域,启动子长度因基因而异,可根据实际需求灵活选择。若上游序列长度不足,可通过调整界面右上角的碱基显示范围,扩展序列长度以满足分析需要。

    8、 愿为有需要者提供帮助。

    soft.zol.com.cn true https://soft.zol.com.cn/1123/11239370.html report 1344 研究某个基因常需其序列和启动子信息。目前多数已测序物种的数据易于获取。以拟南芥为例,可通过NCBI数据库便捷地检索目标基因的完整序列及相关调控区域。 1、 访问NCBI官方网站 2、 在搜索框中输入gene,接着填入目标基因编号,例如at1g11110,点击search即可开始查询...
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    Evidence Eliminator

    更新时间:2010年03月26日

    用户评分:0 | 0人点评

    软件类型:共享软件

    软件语言:英文

    Evidence Eliminator
    • 更新时间:2010年03月26日
    • 软件大小:9.2MB
    • 软件分类:卸载工具
    • 语言种类:英文
    • 软件评级:0 人点评