口袋妖怪漆黑的魅影遵循特定剧情推进，从一周目延续至二周目的梦世界，其中梦世界包含魅影之森，该区域设有关键主线情节。
1、 前往寂雨镇后，会发现镇上的道馆起初无法挑战，因为入口被一名NPC阻挡，必须完成特定剧情才能继续推进。
2、 前行至寂雨镇北侧的缤纷之路，深入其中便抵达神秘的魅影之森。
3、 踏入魅影之森，便见银河团两名手下在此出没。
4、 先击败两个银河团成员，他们各带两只约68级的宝可梦。
5、 继续前行，发现银河队干部、希罗娜与库鲁玛已在其中。
6、 银河团以月食之羽操控了希罗娜与库鲁玛的精灵，此刻正是我们出手的时机。
7、 银河队干部精灵包括72级铁盘坚果、72级叉字蝠、72级巨蔓藤和73级饭匙蛇。
8、 击败对手后才得知图鉴持有者全被冻结，主角与希罗娜、库鲁玛道别，随即启程前往寂雨镇，准备挑战当地的道馆。
